Во время беспорядка в Destiny's Child в 2000, Ноулз призналась в ноябре 2006 что у неё была депрессия от накала страстей: разглашенный уход ЛеТои Лакетт и ЛаТавии Робертсон, публично подвергся нападению СМИ, критиков и блогов из-за раскола, и давнишний парень (с которым она встречалась с 12 до 19 лет) бросил её. Депрессия была настолько сильной, что продлилась ещё пару лет, пока она не закрылась в своей комнате и не перестала есть. Ноулз заявила, что она не хотела говорить о депрессии потому, что Destiny’s Child только что выиграли Грэмми и её никто всерьёз не воспримет. Все эти события заставили её задуматься над собой и над своими друзьями, описывая свою ситуацию она сказала: «Теперь когда я поняла, что известна, я боялась, что не найду никого, кто бы любил меня просто как человека. Я боялась заводить друзей». Она вспомнила о своей маме, Тине Ноулз, которая помогла ей выйти из депрессии: «Почему ты думаешь, что тебя никто не полюбит? Разве ты не знаешь, какая ты умная, милая и красивая?» С 2002 у Ноулз были отношения с рэпером Jay-Z, с которым она сотрудничала несколько раз. Слухи начали крутиться вокруг них после того, как Ноулз спела дуэтом в «'03 Bonnie & Clyde». Несмотря на настойчивые слухи об их отношениях, они никак на них не реагировали.В 2005 слухи начали распространяться о свадьбе пары. Ноулз прекратила обсуждение, заявив, что она и Jay-Z даже не помолвлены. Когда снова спросили об этой теме в сентябре 2007, Jay-Z ответил: «Однажды скоро — давайте все так и оставим». Лора Шреффлер, главный журналист для журнала OK! сказала: «Они крайне конфиденциальные люди».. 4 апреля 2008 Ноулз и Jay-Z поженились в Нью-Йорке. Это стало достоянием общественности 22 апреля 2008.Ноулз публично не носила свое обручальное кольцо до концерта на Fashion Rocks 5 сентября 2008 в Нью-Йорке. Ноулз окончательно призналась в своей свадьбе через открытый киномонтаж на вечеринке для I Am… Sasha Fierce в манхэттенском Sony Club. 60-минутный отрывок вышел в 2010 году, в котором было сказано, что она занималась на дому, будучи ребенком и молится перед каждым выступлением.
